Колин Фаррелл родился 31 мая 1976 года в Дублине (Ирландия). Он был четвёртым ребёнком в семье профессионального футболиста Имона Фаррелла, игравшего в клубе Шемрок Роверс и имевшего собственную упаковочную фирму, и его жены-домохозяйки Риты. У Колина также есть две сестры, Клодин (его персональный ассистент) и Кэтрин, и брат, Имон-младший. Воспитывался как католик.
Когда мальчику было 10 лет, семья переехала в пригород Дублина Каслнок.Колин посещал St. Brigid’s National School Castleknock, после Castleknock College и Gormanston College. Проходил прослушивание в группу Boyzone, когда ещё был неизвестным, но безуспешно.
В юности Фаррелл отличался довольно строптивым нравом — вместо школы предпочитал болтаться с друзьями по местным барам, курил марихуану и подворовывал в магазинах. В возрасте семнадцати лет его выгнали из школы за драку с преподавателем, который застал Фаррелла спящим на уроке и вместо извинений был избит. После этого инцидента он на год уехал с друзьями в Австралию.